作为一部谍战剧，《潜行者》讲述了方嘉树、陶玉玲一起合作，一起对抗敌人，窃取情报的故事。该剧主演是黄晓明、蒋欣、万茜等。
《潜行者》方嘉树通过袜子麻子还有面粉发现孙怀民是叛徒。孙怀民根本不是我党的接应人员，而是叛徒，在门外偷听老赵陶玉玲谈话把袜子听成了麻子。孙怀民和方嘉树回住处，故意在路上留下了面粉，给郑飞熊留下线索。好在方嘉树为人机智，看到了孙怀民的破绽，不然后果不堪设想。
《潜行者》故事背景发生在1941年的上海，以三重身份潜伏在汪伪特工总部76号的共产党员方嘉树不畏艰难，完成了组织交给的获取煤炼油情报、清除刽子手李力行等重大任务，并利用军统、76号、日本人之间的矛盾，巧妙地为我党获取了更多的情报和利益。从目前曝光的剧照上看，黄晓明的西装背头造型十分符合潜行者形象，“以我的经验，事情还远没到结束的时候。”
《潜行者》中老赵(赵全章)表面上看起来也是地下党，他和陶玉玲是夫妻，和方嘉树也有工作中的联系，但是老赵的很多行动中，都透露出他并不简单。
老赵是共产党潜伏在上海的暗线，平日里是一家小店的掌柜，其实是陶玉玲的原配丈夫，但为了坚守信仰他一直默默守候在陶玉玲身边，关键时刻多次帮助她和方嘉树化解危机。
陶玉玲是共产党地下工作者，为了保护自己和孩子，她决定带着女儿和儿子一起来到上海。他们找到了一家名为兴华旅馆的住处，陶玉玲把孩子们安顿好后，她对女儿再三叮嘱了一番，确保她们的安全。紧接着，她紧锁了房门，匆匆离开了旅馆。
陶玉玲来到天和畅饭馆寻找未婚夫老赵，她知道老赵也是地下党，利用饭店作为地下工作的掩护。两人已经分离很久，他们相见之际，激动之情溢于言表。然而，老赵却顾不上向陶玉玲倾诉分离带来的苦痛，迫不及待地向她传达上级的任务。
陶玉玲匆匆忙忙地找到了老赵，她急切地向他传达消息，告诉他继续密切关注西林公学的动态。她详细解释了垃圾桶内的东西实际上是一个诱饵，告诫老赵不要操之过急，避免引发任何不必要的麻烦。就在陶玉玲离开后不久，乐言注意到老赵身影的出现，并开始悄悄地尾随他。与此同时，石头偷偷地拿走了方嘉树的枪，他站在远处，盯着对面玩耍的小朋友。这个景象令人不寒而栗。
乐言继续紧追不舍地跟踪老赵，直到两人来到一条僻静的巷子。但是这里，乐言遭到了我党人员的埋伏，她被不知何时出现的人击晕，并被带到了老赵的面前。当麻袋打开时，乐言愕然地发现里面竟然是她自己，她的女儿乐言。这一幕让乐言不禁在惊恐中哭泣起来。在乐言的反抗中，她认出了眼前的人正是自己的爸爸，这让她的情绪更加激动。老赵见状，安慰着受到惊吓的乐言，为她的安全感提供了安抚和支持。
乐言来到上海两年,却一直不见她,他此时对老赵既思念又生气,她哭泣着说每天对别人叫爸爸还是汉奸的女儿,对生活失去希望。老赵三言两语哄好了乐言,两人一边聊天一边捡起洒落的银元,此时乐言看到一枚银元有个孔,老赵看到残废的银元收了起来。乐言表示以后要秘密写信给老赵,那个雕刻的物件就是信号。乐言津津有味吃着老赵做的面条,老赵叮嘱她吃完就要回家,以免陶玉玲担心。乐言问起爸爸的身份,老赵表示等她长大后自然就知道了。
乐言决定乘坐黄包车去目的地，她暗中藏起带孔的银元，而这块银元却被警觉的车夫察觉到了。一名同志为了侦查，冒充车夫一直在门外等候乐言，但乐言迟迟未现身。他前去询问老赵，老赵认为乐言已经长大了，应该不会出什么事。然而，乐言在半路上遭到车夫的敲诈，被迫交出一大洋作为车费，但车夫不满乐言的啰嗦，直接离开了。乐言回到家，发现弟弟石头私自拆卸了爸爸的手枪。她刚要责备石头，但石头却要向妈妈告状，声称乐言一整天都不管他。为了解决问题，乐言只好拿出她心爱的巧克力来封住石头的嘴，并与他达成协议保守秘密。
《潜行者》中孙怀民是假冒的和方嘉树联络的人，经过调查，方嘉树对他进行了审问，可不幸的是他却触电身亡了。
方嘉树在车内监视与他新碰头的人孙怀民，他喝咖啡时接到电话，第一句话他就是用过时的暗语与方嘉树对话，方嘉树直接让他八点光明大戏院见，从现在开始孙怀民不能联系外界，有人监视着他，如果异常当初就毙了他还有腰后的枪让他出门扔到花丛里。
他刚出门扔掉手枪随后一人悄悄捡起，拿出里面的纸条，上面写道：勿跟，按既定方针办。伪装成老头的方嘉树在戏剧院门口监视着此人，看着他到来后门，方嘉树也悄声来到他身旁让孙怀民跟着他走，孙怀民一路在背后做记号，方嘉树领他来到自己的家，立马对他全身搜索，而那人却说自己为了找到杜鹃同志受苦多难。
方嘉树摘了假发和胡须被对方认出，孙怀民介绍自己是震旦大学的老师，方嘉树回忆李正勋临死前有二人知道他的身份，其中一个是孙怀民另一个是未婚妻唐星如，此时方嘉树掏出枪说李正勋死极有可能是最亲密的人害死的，孙怀民说李正勋的女友可能性较大。
方嘉树这次要试探出这二人是谁出卖了李正勋，举枪让孙怀民进到卧室打开绑有陶玉玲的衣柜。陶玉玲和孙怀民两人在方嘉树面前对起暗号，方嘉树说他们二人中谁是监听到接头暗号的叛徒呢。
方嘉树抓住孙怀民后，独自在卧室的孙怀民扯断电线握在手里电死了自己。方嘉树和陶玉玲回到房间发现孙怀民触电身亡，只好处理他的尸体，可没想到身后的电线引着了窗帘，屋内大火，他俩加急抢救了电台和银元，带着孩子逃离。逃到外面的时候方嘉树交代陶玉玲他从后面逃走，务必让救火队救他，于是他冒充救火的名义返回家中实则开车转移孙怀民的尸体和电台。电台埋在树林中，将孙怀民是尸体放于另一处将怀表时间调前并打碎。
因为孙怀民的死，李力行秘密安排陈飞熊调查叶兴城和其他人，因为他们当时在方嘉树的家故排除嫌疑，方嘉树就不用查了。李力行安排方嘉树住到华邨，一是监督二是利用他办事。