这部剧是根据桐华的同名小说改编而来的，小说由《长相思1：如初见》《长相思2：诉衷情》《长相思3：思无涯》组成，故事取材于《山海经》，讲述了蚩尤与西陵珩的女儿小夭、表哥轩辕颛顼、涂山世家公子涂山璟、神农义军将领相柳之间的恩怨情仇。
《长相思1：如初见》
轩辕黄帝雄才伟略，经过和神农族的激烈斗争，统一了中原，两个部族经过痛苦的斗争，逐渐能和平相处，可一切矛盾随时会爆发。因为怜惜，回春堂医师玟小六救下了满身是伤的叶十七，并收他为徒，相伴六年，直到再也割舍不去。可他们注定不能做一辈子小镇上的医师与伙计，沉默寡言却举止不凡的叶十七竟是名震大荒的世家之子涂山璟，男人打扮的玟小六却是俊帝失踪多年的女儿小夭。
《长相思2：诉衷情》
颛顼和小夭两人在几方势力夹层中求得生存，颛顼明面故作纨绔子弟，暗地与他人共谋千秋大业，不惜把小夭作为交易的筹码，而小夭甘愿被其利用。小夭和涂山璟的爱情遭遇危机，关系跌宕起伏，历经磨难爱而不得，但是终究没能敌得过信任的考验，两人形同陌路。相柳涉险救下小夭，却还是孤身一人。
《长相思3：思无涯》
涂山璟和小夭终于解除了误会，神农义军终退出历史的舞台，作为神农义军将领的相柳面临最终的抉择。大荒的统一成为大势所趋，轩辕发动了对高辛的战争，面对养育自己的高辛俊帝、最珍视的亲人小夭和阿念，颛顼经历最严峻的考验。俊帝带着小夭前往寻找父母，小夭的母亲阿珩亲自揭开了小夭的身世之谜。小夭和涂山璟两人在一切事情尘埃落地之后终得相守，颛顼孤守帝位，而世间再无相柳。
玟小六/高辛玖瑶/小夭/西陵玖瑶
名为轩辕王姬轩辕妭(阿珩)与八世俊帝高辛少昊之女，实为轩辕妭与蚩尤之女，大名高辛玖瑶，象征阿珩与蚩尤的美好爱情。小名小夭，少昊取“桃之夭夭，灼灼其华”之意。
轩辕颛顼/轩
轩辕黄帝之子昌意遗子，轩辕长孙，忍辱负重百年最终得以实现统一天下的愿望，号称黑帝。父亲昌意战死殉山，因亲眼目睹母亲与父亲同生共死选择自尽，让他对感情有种别样的想法，认为不能因为相爱想要共死就抛弃孩子。
涂山璟/叶十七
青丘九尾狐涂山氏族长。涂山璟出场时类似死尸，状若乞丐。身上遭受同父异母大哥所施的惨无人道的酷刑，这个恶因是十七母亲所种，恶果却由她儿子承担。
相柳/防风邶
相柳是大荒内的灵力高手，因身为海底九头海妖而被称为九命相柳、海底妖王。为报答恩情担任神农义军将军，为王族世家及众多中原氏族所忌惮。外表俊美妖异，风姿卓然;冰冷狠毒，冷酷无情，但有温柔重情的一面。
《长相思》结局是玖瑶以身犯险帮助颛顼夺回轩辕的王位，在涂山璟和相柳一个似水一个似火截然不同的真爱面前，她毅然选择了国家大爱，实现了母亲振兴国邦的遗愿，相柳为了救玖瑶而死，玖瑶伤怀，与璟归隐。
上古时代，黄帝女儿轩辕王姬把女儿高辛玖瑶寄养在玉山王母身边后就在轩辕黄帝和神农蚩尤的大战中战死。玖瑶等不到母亲来接，对自己的父亲又心生误会。
玖瑶逃离玉山，经历种种磨难最终隐姓埋名女扮男装做了名小医生。玖瑶聪慧善良、率真可爱，偶然救起了被兄长残害的涂山璟，璟自感卑微，默默爱着玖瑶。九头妖相柳偶然发现玖瑶可以帮助自己疗伤，屡次掠走玖瑶，并且渐渐对她心生情愫。玖瑶的表哥颛顼终于找到了她，带她回到她父亲帝俊身边，解开了当年的误会。
玖瑶以身犯险帮助颛顼夺回轩辕的王位，在涂山璟和相柳一个似水一个似火截然不同的真爱面前，她毅然选择了国家大爱，实现了母亲振兴国邦的遗愿。相柳为了救玖瑶而死，玖瑶伤怀，与璟归隐。
小夭先后与涂山璟和相柳相恋相惜。表兄颛顼因统一大荒发兵高辛，为减少对小夭的伤害，令小夭得知自己身世真相，少昊出于同样的目的，将小夭从高辛王族除名。最后颛顼赐外祖母之姓“西陵”。与涂山璟几经磨难，最终解除误会得以完婚，在情人相柳死后又很快归隐大海。爱情、亲情与友情，教会她成长，教会她主动付出。